生化工程系于2001年由原化学系和生物系合并而成，设有小学科学教育、生物教育、化学教育、食品智能加工技术、食品检验检测技术、化工生物技术等6个专业。现有教职工38人，其中教授6人，副教授18人，在读博士3人，硕士研究生24人，入选“辽宁省百千万人才工程”千层次3人、万层次4人。生化工程系现有食品加工工程实训中心、仪器分析检测中心、生物与化学基础实验中心和矿物加工工程实训中心等4个实验实训中心，有古生物化石标本展室、现生生物标本展室、矿石标本展室等7个标本展室，其中仪器分析检测中心纳入辽宁省科技厅辽宁省大型仪器共享服务平台，连续7年被评为服务中小微企业先进单位，自然陈列馆被授予“辽宁省科学技术普及基地”称号，并成立北京自然博物馆古生物化石联合研究（博士）工作站。生化工程系现有校外实习实训基地37家，是朝阳市农产品及食品加工行业校企联盟的承办单位，已获批为粮农食品安全评价职业技能证书考核站点、食品检验管理职业技能证书考核站点和中国计量测试学会职业能力测试分中心。

生化工程系现有清璇由美化妆品、膨润土深加工、朝阳恐龙足迹及周边古生物化石研究、农产品及食品精深加工4支教科研团队。近三年来，生化工程系教师主持省级教科研课题24项，申请专利34项，曾获辽宁省职业教育和成人教育教学成果奖一等奖1项、二等奖1项，朝阳市政府科技进步一等奖1项，千名专家进园景区活动对接项目22项，获突出贡献专家团队3项，优秀专家团队5项。